за начальником ГУ Міндоходів у м. Севастополі Карповим Юрієм Сергійовичем
Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації
Відділ персоналу
Відділ внутрішньої безпеки
Відділ відомчого контролю та внутрішнього аудиту
Відділ боротьби з відмиванням доходів, одержаних злочинним шляхом
за першим заступником начальника ГУ Міндоходів у м. Севастополі Зумським Ярославом Ісааковичем
Інформаційно-комунікаційний відділ
Управління правової роботи
Відділ організації діяльності та контролю виконання документів
Коордінаційно - моніторингове управління
Відділ контролю за обігом та оподаткуванням підакцизних товарів
Сектор реалізації інновацій
Відділ погашення заборгованостей
за заступником начальника ГУ Міндоходів у м. Севастополі Земченко Катериною Олександрівною
Управління оподаткування та контролю об’єктів і операцій
Управління доходів і зборів з фізичних осіб
Управління IT та обліку платників
Сектор обслуговування платників податків
за заступником начальника ГУ Міндоходів у м. Севастополі Богачевським Степаном Петровичем
- Адміністративно-господарське управління
- Відділ фінансово - економічної роботи та бухгалтерського обліку
- Управління податкового та митного аудиту
за заступником начальника – начальником слідчого управління фінансових розслідувань ГУ Міндоходів
у м. Севастополі
Оперативне управління
Слідче управління фінансових розслідувань